eDNA
Cette plate-forme technique a été mise en place pour permettre d'effectuer une analyse à grande échelle de l'ADN environnemental via une approche de métabarcoding pour identifier les communautés microbiennes, animales et végétales en utilisant des échantillons environnementaux (sol, eau, matières fécales, etc.). Habituellement, le metabarcode d'ADN est conçu selon la question scientifique, et cible l'ADN multi-copie (ADN de chloroplaste, ADN mitochondrial, ADN ribosomal nucléaire). Les principales applications consistent à analyser le régime alimentaire à partir des matières fécales, à évaluer la biodiversité en utilisant des échantillons de sol ou d'eau et à reconstruire la paléo-environnement à l'aide de sédiments lacustres et d'échantillons de pergélisol.
La plateforme eDNA est composée de trois salles d'extraction pré-PCR dédiées aux fèces, au sol et à l'ADN ancien, ainsi qu'à plusieurs salles post-PCR dédiées à la purification et au titrage de produits PCR. Le séquençage de prochaine génération sur les plateformes Illumina est externalisé. La plateforme possède également les équipements permettant d’effectuer les extractions d’ADNe sur le terrain immédiatement après l’échantillonnage.
La plateforme eDNA peut offrir un support pour:
(I) la conception des expériences selon la question scientifique, les contraintes techniques et la stratégie pour assurer la qualité des données;
(Ii) extraction d'ADN à grande échelle;
(Iii) amplification d'ADN à grande échelle;
(Iv) la sous-traitance du séquençage avec une entreprise qui fournit un service de haute qualité lors du séquençage d'amplicons;
(V) l'analyse des séquences brutes jusqu'à la production d'un tableau de contingence qui sera ultérieurement analysé par le demandeur;
(Vi) la discussion sur l'interprétation scientifique en fonction des pièges potentiels de l'approche metabarcoding.
|
Proposition de citation
. eDNA. https://services.mspdata.eu:/geonetwork/srv/api/records/6c173c29-ec47-4324-bfb2-e1d6bc92566d |
Simple
- Date ( Création )
- 2016-06-01
- Code
- Fréquence de mise à jour
- Lorsque nécessaire
- theme.anaeeThes.rdf ( Thème )
-
- biomasse microbienne , diversité microbienne , lombric du sol , AnaEE-France , biomasse du sol , faune du sol , gestion des écosystèmes , pathogène
- GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 INSPIRE themes ( Thème )
-
- Installations de suivi environnemental
- AnaEE-France Locations ( Localisation )
-
- France
- Limitation d'utilisation
- Voir les chartes AnaEE-France.
- Contraintes d'accès
- Droit de propriété intellectuelle / Droit patrimonial
- Contraintes d'utilisation
- Droit de propriété intellectuelle / Droit patrimonial
- Dénominateur de l'échelle
- 50000
- Langue
- Anglais
- Jeu de caractères
- Utf8
- Catégorie ISO
-
- Structure
- Description
- France
))
- Code
- Format (encodage)
-
- ( )
- Ressource en ligne
- web site
- Ressource en ligne
- site metabracoding
- Ressource en ligne
- https://git.metabarcoding.org/obitools/obitools/wikis/home
- Niveau
- Jeu de données
Résultat de conformité
- Date ( Publication )
- Explication
- Généralités sur la provenance
- pas d'information
Métadonnées
- Identifiant de la fiche
- 6c173c29-ec47-4324-bfb2-e1d6bc92566d XML
- Langue
- Anglais
- Jeu de caractères
- Utf8
- Type de ressource
- Jeu de données
- Date des métadonnées
- 2018-07-12T13:01:38
- Nom du standard de métadonnées
- ISO 19115:2003/19139
- Version du standard de métadonnées
- 1.0