eDNA

Cette plate-forme technique a été mise en place pour permettre d'effectuer une analyse à grande échelle de l'ADN environnemental via une approche de métabarcoding pour identifier les communautés microbiennes, animales et végétales en utilisant des échantillons environnementaux (sol, eau, matières fécales, etc.). Habituellement, le metabarcode d'ADN est conçu selon la question scientifique, et cible l'ADN multi-copie (ADN de chloroplaste, ADN mitochondrial, ADN ribosomal nucléaire). Les principales applications consistent à analyser le régime alimentaire à partir des matières fécales, à évaluer la biodiversité en utilisant des échantillons de sol ou d'eau et à reconstruire la paléo-environnement à l'aide de sédiments lacustres et d'échantillons de pergélisol.

La plateforme eDNA est composée de trois salles d'extraction pré-PCR dédiées aux fèces, au sol et à l'ADN ancien, ainsi qu'à plusieurs salles post-PCR dédiées à la purification et au titrage de produits PCR. Le séquençage de prochaine génération sur les plateformes Illumina est externalisé. La plateforme possède également les équipements permettant d’effectuer les extractions d’ADNe sur le terrain immédiatement après l’échantillonnage.

La plateforme eDNA peut offrir un support pour:

(I) la conception des expériences selon la question scientifique, les contraintes techniques et la stratégie pour assurer la qualité des données;

(Ii) extraction d'ADN à grande échelle;

(Iii) amplification d'ADN à grande échelle;

(Iv) la sous-traitance du séquençage avec une entreprise qui fournit un service de haute qualité lors du séquençage d'amplicons;

(V) l'analyse des séquences brutes jusqu'à la production d'un tableau de contingence qui sera ultérieurement analysé par le demandeur;

(Vi) la discussion sur l'interprétation scientifique en fonction des pièges potentiels de l'approche metabarcoding.

 
Proposition de citation
. eDNA. https://services.mspdata.eu:/geonetwork/srv/api/records/6c173c29-ec47-4324-bfb2-e1d6bc92566d

Simple

Date ( Création )
2016-06-01
Code
Fréquence de mise à jour
Lorsque nécessaire
theme.anaeeThes.rdf ( Thème )
  • biomasse microbienne , diversité microbienne , lombric du sol , AnaEE-France , biomasse du sol , faune du sol , gestion des écosystèmes , pathogène
GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 INSPIRE themes ( Thème )
  • Installations de suivi environnemental
AnaEE-France Locations ( Localisation )
  • France
Limitation d'utilisation
Voir les chartes AnaEE-France.
Contraintes d'accès
Droit de propriété intellectuelle / Droit patrimonial
Contraintes d'utilisation
Droit de propriété intellectuelle / Droit patrimonial
Dénominateur de l'échelle
50000
Langue
Anglais
Jeu de caractères
Utf8
Catégorie ISO
  • Structure
Description
France
N
S
E
W


Code
Format (encodage)
  • ( )

Ressource en ligne
web site  
Ressource en ligne
site metabracoding  
Ressource en ligne
https://git.metabarcoding.org/obitools/obitools/wikis/home  
Niveau
Jeu de données

Résultat de conformité

Date ( Publication )
Explication
Généralités sur la provenance
pas d'information

Métadonnées

Identifiant de la fiche
6c173c29-ec47-4324-bfb2-e1d6bc92566d   XML
Langue
Anglais
Jeu de caractères
Utf8
Type de ressource
Jeu de données
Date des métadonnées
2018-07-12T13:01:38
Nom du standard de métadonnées
ISO 19115:2003/19139
Version du standard de métadonnées
1.0
 
 

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